En 1993 recibe las acusaciones de abuso infantil por parte de un menor de edad, pero Jackson negó rotundamente la acusación, y el asunto se resolvió fuera de la Corte.

En esta misma época, los problemas de salud comienzan por abuso de calmantes y decide tratarse. 

La Toya, una de sus hermanas cantantes, lo condena públicamente. El resto de su familia lo apoya.

El 10 de diciembre de 1994 regresa a los Estados Unidos para someterse a un tratamiento de desintoxicación.

El 26 de mayo de 1994, en República Dominicana,  contrae matrimonio con Lisa Marie Presley, hija del legendario Elvis Presley. La prensa tomó la boda como un acuerdo montaje de interés comercial.

El matrimonio no duró mucho y en 1996 se divorcia de Lisa Marie Presley. Su soltería dura poco, ya que ese año anunció su casamiento con Deborah Rowe, quien se encontraba embarazada de 6 meses.

El 10 de julio de 2000 los dueños de la joyería "David Orgell" le inician un juicio por 1,4 millones de dólares debido a que el cantante retiró un reloj de 2 millones probarlo y luego lo devuelve en mal estado.

En el 2002 se da la noticia del nacimiento de Prince Michael II, pero no se informa quién es su madre. En Alemania, acompañado por sus pequeños hijos, Michael sostiene al bebé, Prince Michael II, mostrándolo peligrosamente desde el balcón a los seguidores.

El 20 de noviembre de 2003, Michael Jackson se entregó a las autoridades de California para enfrentar múltiples cargos de abuso sexual infantil. Un adolescente  acusó al cantante estadounidense de abusos sexuales y relató los crudos detalles de la relación.